فرهاد از کودکی عاشق فوتبال بود و از تیم‌های پایه کار خود را آغاز کرد. اولین تیم رسمی و تقریباً مطرح او جوانان کشاورز بود.

پس از حضوری تقریبا کوتاه در جوانان کشاورز در همان رده سنی به تیم بهمن پیوست و چندی بعد برای حضور در مسابقات استانی به تیم صنایع پارچین پیوست و مدت کوتاهی به صورت بازیکن قرضی در این تیم توپ زد.

درخشش او در تیم صنایع باعث شد تا مربیان تیم امید بهمن برای جذب دوباره او تلاش کنند. پس از 8 ماه بازی در صنایع پارچین وارد تیم امید بهمن شد.

وی پس از درخشش در تیم بزرگسالان بهمن به استقلال تهران پیوست. او در استقلال با شم بالای گلزنی به یکی از موفق‌ترین بازیکنان تبدیل شود و سال‌ها برای این تیم بازی کرد.

درخشش او در بازی‌های لیگ ایران و حتی در سطح آسیا با پیراهن استقلال باعث شد تا سران باشگاه راپید وین اتریش به دنبال جذب فرهاد باشند. وی تصمیم خود را گرفت و به اتریش ترانسفر شد. گرچه حضور او در اتریش چندان رویایی و همراه با موفقیت نبود.

چندی بعد به امارات رفت. اولین تیم او در امارت الوصل بود. پس از مدت کوتاهی با شرایط فوتبال امارات آشنا شد. کم کم به یک ستاره در این تیم اماراتی تبدیل شد. وی در سال 2003 به عنوان بازیکن قرضی به تیم العین امارات پیوست تا در جام باشگاه‌های امارات به میدان برود.

او آن سال در بازی نیمه نهایی جام باشگاه‌های آسیا و در برابر دالیان درخشید. وی دوباره به الاهلی پیوست. در طول مدت حضور در الاهلی حدود 130 گل برای این تیم به ثمر رساند و در سال 2006 با این تیم قهرمان لیگ امارات شد.

مجیدی در سال 1375 برای اولین‌بار به تیم ملی دعوت شد و اولین بازی ملی خود را در برابر کویت و در سال 1375 انجام داد. او همراه تیم ملی به جام جهانی 1998 فرانسه هم رفت.

وی در سال 1386 پس از کش و قوس‌های فراوان مجددا به استقلال پیوست. او در حالی به استقلال پیوست که مدیران پرسپولیس نیز به دنبال جذب وی بودند.

مجیدی اوایل مهر سال 1390 از تیم ملی با این دلیل که نمی‌خواهد کاری که با او در جوانی شد، با دیگر بازیکنان جوان فوتبال ایران تکرار شود از فوتبال ملی خداحافظی کرد.